Seria terrorystycznych ataków przeprowadzanych przez tajemniczą grupę Individual Eleven zaostrza napięcia związane z kryzysem uchodźczym. Sekcja 9 rozpoczyna śledztwo, próbując powstrzymać narastający chaos i odkryć prawdę stojącą za zamachami. W trakcie dochodzenia major Motoko Kusanagi natrafia na ślady spisku powiązanego z jej własną przeszłością.